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クラフトK 公開日2025.08.20 クラフトK 更新日2025.08.20

インボイス制度はフリーランス薬剤師に関係?簡単にわかりやすく解説

こんにちは!

弊社の株式会社Craft.Kのブログにお越しいただきありがとうございます。

このブログでは、フリーランス薬剤師が活動するにあたって、必要な情報を皆さんに共有しています。

2023年10月1日から取引の透明性と適正な税額控除を算出しやすくするため、インボイス制度が始まりました。

インボイス制度の導入により、消費税の免税事業者・課税事業者を問わずすべての事業者に影響があり、早めの対応が必要です。

特に、売上の規模が小さいフリーランス薬剤師の方は、メリットとデメリットを踏まえたうえで、インボイス制度に対応するかどうか検討しなければなりません。

本記事では、フリーランス薬剤師が知っておくべき、インボイス制度の基本から、事業者が取るべき対策までを分かりやすく解説します。

インボイス制度の基本と導入の背景

インボイス制度施行前は、仕入の記録となる帳簿を作成・保管しておけば、仕入れにかかる税額控除を受けることが可能となっていました。

しかし、インボイス制度の導入後は、国が定めた適格請求書(インボイス)に必要な情報を請求書や納品書などに記載しなければ、仕入税額控除を受けることができなくなりました

ここからは、インボイス制度について詳しく説明していきます。

インボイス制度とはどんな制度?

インボイス制度は、複数税率に対応した消費税の仕入税額控除の仕組みです。

正式名称を「適格請求書等保存方式」と言います。

インボイス制度導入後は、一定の要件を満たした適格請求書(インボイス)を売り手が買い手に発行する必要があります。

消費税の仕入税額控除が適用されるためには、双方が適格請求書を保存しなければなりません。

また、インボイスを発行できるのは、税務署に登録された「適格請求書発行事業者」に限られます。

そのため、免税事業者が適格請求書発行事業者になる場合は、課税売上が1,000万円以下でも消費税の課税事業者となる必要があります。

なぜインボイス制度が導入されたのか?

インボイス制度導入の目的は、消費税の税率を正確に把握し、複数税率に対応した消費税額を正しく計算することです。

令和元年の10月に消費税の軽減税率も導入されました。

これにより、仕入額にかかる税金が取引される商品やサービスによって8%と10%が混在するようになりました。

正しく納付額が算出できるように、商品ごとの価格と税率が記載されたインボイス(適格請求書)の保管が必要になりました。

インボイス制度導入によるフリーランス薬剤師に与える影響は?

調剤薬局がフリーランス薬剤師に支払う金額は、仕入税額控除の対象となる「外注費」で精算されることが多いです。

仕入税額控除を受けるためには、取引の双方が適格請求書発行事業者である必要があります。

そのため、フリーランス薬剤師がインボイス登録をしていないと、取引先の会社が消費税の納税額の差し引きができず、調剤薬局が納税する金額が高くなってしまいます。

フリーランス薬剤師が課税事業者であるときのインボイス制度の影響

現状フリーランス薬剤師で課税事業者の方は、適格請求書発行事業者になることに対するデメリットはありません

しかし免税事業者との取引が多い事業者の場合は、消費税の納税額が増えることによる負担増が起こる可能性があります。

その理由は、仕入税額控除を受けるためには取引先も適格請求書発行事業者である必要があるからです。

このため、課税事業者は免税事業者との取引を控える可能性があり、免税事業者が不利な立場になるかもしれません。

フリーランス薬剤師が免税事業者であるときの影響

免税事業者は、消費税の納税義務がないため、インボイスを発行することができません

免税事業者のフリーランス薬剤師が課税事業者と取引を行う場合は、売上先には経過措置があり、

・令和5年10月~令和8年9月までは仕入税額の80%

・令和8年10月~令和11年9月までは仕入税額の50%

の仕入税額控除が可能です。

制度終了後からは、課税事業者が免税事業者と取引した場合、仕入税額控除を受けることができず、税負担が増加する可能性があります。

このため、課税事業者は免税事業者との取引を控えることを検討することにつながる可能性があり、免税事業者が不利な立場になるかもしれません

免税事業者が適格請求書発行事業者になった場合も、消費税の納税義務が生じることから、その分手元に残る利益が減ってしまうことになります。

免税事業者のフリーランス薬剤師は適格請求書発行事業者になるメリット・デメリットを考えてどのように対処するか検討しましょう。

フリーランス薬剤師が適格請求書発行事業者になるための手順

インボイス制度がフリーランス薬剤師に与える影響は、課税事業者と免税事業者で大きく異なります。

ここからは適格請求書発行事業者になる必要のあるフリーランス薬剤師の方に向けて、申請の手順と必要なものについて説明していきます。

適格請求書発行事業者の登録申請に必要なもの

適格請求書発行事業者の申請に必要なものは以下の通りです。

・マイナンバーカードまたはe-Tax用の電子証明書

・利用者識別番号(e-Taxで取得する16桁の識別番号)

申請にはこの2つが必要になります。

e-Taxで利用者識別番号を取得する方法

e-Taxで利用者識別番号を取得する方法は、

  1. e-TaxのWEBサイトにアクセス
  2. 「はじめてe-Taxをご利用になる方」を選択
  3. 「利用者識別番号の取得」をクリック
  4. 必要事項を入力(氏名、住所、生年月日など)
  5. 入力内容を確認し、送信

で行えば、取得可能です。

適格請求書発行事業者の申請手続きの方法

インボイス制度の登録申請はe-Taxソフト(WEB版)を利用して、スマホで完結させることができます。

申請手続きの手順は以下の通りです。

  1. e-Taxソフト(WEB版)にスマホでアクセス
  2. マイナンバーカードを利用してログイン
  3. メニューの「申請・届出」をクリック
  4. 「消費税適格請求書発行事業者の登録申請書」をクリック
  5. 事業者の基本情報、課税事業者の選択、登録希望日などの情報を入力
  6. マイナンバーカードの読み取りと電子署名

これらの操作で申請を完了させることができます。

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